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Database of 1101 domains
Matrix: gonnet
Secondary structure prediction:
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Q_Seq: L-lysine 416 a.a. 2,3-aminomutase
20 best hits:
PDB ID raw score Z-score a.a. aligned % identities description
1bgp_ 309 a.a. 1476 6.10 273 22 Heme-dependent peroxidases
1smd_a 402 a.a. 1146 4.19 346 17 beta/alpha (TIM)-barrel
1xvaA 292 a.a. 1076 3.78 249 19 S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
2pth_ 193 a.a. 1014 3.42 176 25 Phosphorylase/hydrolase-like
2liv_ 344 a.a. 1011 3.40 275 21 Periplasmic binding protein-like I
1ad2_ 224 a.a. 1010 3.40 192 22 Ribosomal protein L1
1rpt_ 342 a.a. 1007 3.38 294 18 Phosphoglycerate mutase-like
1ft1A 315 a.a. 1002 3.35 224 22 alpha-alpha superhelix
5p21_ 166 a.a. 992 3.29 159 15 P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
1php_ 394 a.a. 962 3.12 307 18 Phosphoglycerate kinase
1wpoB 209 a.a. 929 2.93 178 20 Herpesvirus serine proteinase, assemblin
1ft1B 416 a.a. 925 2.91 319 23 alpha/alpha toroid
1csh_ 435 a.a. 920 2.88 317 23 Citrate synthase
1rlaA 314 a.a. 905 2.79 252 20 Arginase
1xgsAa 218 a.a. 903 2.78 190 21 Creatinase/methionine aminopeptidase
1wab_ 212 a.a. 893 2.72 173 20 Flavodoxin-like
1delB 231 a.a. 890 2.70 215 16 P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
4pgmB 236 a.a. 881 2.65 189 19 Phosphoglycerate mutase-like
1djxAb 264 a.a. 877 2.63 200 20 beta/alpha (TIM)-barrel
1nbaB 252 a.a. 871 2.59 210 22 N-carbamoylsarcosine amidohydrolase
Alignments:
seq 1bgp_ 1476 452 0.00 -100000.00 354 71
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................................
                                


seq 1smd_a 1146 472 0.00 -100000.00 433 65
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seq 1xvaA 1076 459 0.00 -100000.00 306 43
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-FMEGKQLPGVVALEDK......
 HHH    HHHHH  B